1．主要成分不同

健脾丸藥方由黨參、白術(shù)(炒)、陳皮、枳實(炒)、山楂(炒)、麥芽(炒)組成。方中涌黨參、白術(shù)補益脾胃以資運化;山楂、麥芽消食化滯;陳皮、枳實理氣和胃。諸藥合用，補脾益胃，理氣運滯。

啟脾丸藥方由人參、白術(shù)(炒)、茯苓、甘草、陳皮、 山藥、 蓮子(炒)、山楂(炒)、六神曲(炒)、麥芽(炒)、澤瀉組成，也可說是由四君子湯加焦三仙再加陳皮、山藥等而成。

2．功能主治不同

健脾丸主要功效是健脾開胃，是著名的消食導(dǎo)滯藥，因具有健脾消食之功而得名。它是根據(jù)明代王肯堂《證治準繩：類方》卷五中的“健脾丸”方加減而成的，為保和丸的姊妹方，小兒消化不良最為常用，用于脾胃虛弱、脘腹脹滿、食少便溏。

啟脾丸這是通過四君子湯補氣健脾;陳皮理胃氣，使胃氣順暢;蓮子補中、養(yǎng)神、益氣力;山楂消肉食積滯;麥芽消面食積滯;澤瀉利尿，除胃腸濕熱，對脾胃有濕熱，造成頭重、目昏、耳鳴的，能滲去其濕，使熱也隨之去，這樣脾胃功能正常，清氣上升，頭眩消失、耳聰目明。啟脾丸通過攻補兼施，標本兼治，而達到治療脾虛停食的作用。